東都大學附屬醫院某夜緊急收容了一名頭部受創的神秘男子，腦外科值班醫生南方仁為其順利完成手術，手術轉醒後男子卻莫名出逃。仁在追趕中自台階摔下昏迷，再次醒來後發現自己已身處一片樹林之中，有盤頭武士在廝殺。以為在拍時代劇的仁險遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎所救。仁隨負傷的恭太郎回到橘家，在極其簡陋的條件下為其進行了手術。目睹手術全過程的恭太郎之妹橘咲深受觸動，對仁產生了濃厚的興趣。次日早晨，仁從咲口中得知震驚的事實：自己竟穿越到了幕末的江戶時代！ 自此，偌大的曆史畫卷逐漸鋪現。以仁在醫學所的浮沉及自立門戶後的眾多醫療事件為主線，不僅阪本龍馬、勝海舟、緒方洪庵、新撰組等人物/組織悉數登場，仁更邂逅了與自己在現代的未婚妻樣貌驚人相似的美麗花魁野風。深感命運神奇的仁在試圖將現代醫療技術引入江戶的同時，也努力扭轉著曆史洪流中眾人命定的走向。